生物医学工程系成立于2008年3月17日，由法国洛林大学Jean-François STOLTZ教授出任名誉主任，法国洛林大学王雄教授任系主任，欧阳静萍教授和陈云教授任系副主任。因此，生物医学工程系从建立之初就体现了国际化特色，这基于与法国洛林大学自1997年以来在生物医学工程领域的长期友好合作，并一直持续发展至今。多年已来，生物医学工程系与法国洛林大学互派师生交流成为常态，系主任王雄教授每年回武汉工作一月，STOLTZ教授每年来汉交流多次，共同申请了国际合作交流项目、国家自然科学基金项目和法方资助的项目，共同发表科研论文多篇，共同组织和参与国际会议或双边会议多次，并成为武汉大学-洛林大学共同建设的中法无边界实验室的重要组成成员。国际合作、专业交叉，成为生物医学工程系和生物医学工程专业最大的特点与亮点。

       在生物医学工程系成立之前，生物医学工程专业自2005年起开始招收硕士研究生，2007年起挂靠生理学博士点招收博士研究生，2008年起开始招收非全日制硕士研究生。目前，生物医学工程系主要承担本科生的公选通识课《元素营养与健康》、研究生的《纳米医学》与《生物信息学》、非全日制生物医学工程专业硕士研究生的《生物医学工程学》与《生物信息学》等课程教学。

       生物医学工程系主要从事生物材料、组织工程、再生医学、纳米医学等领域的研究，已承担国家自然科学基金项目、湖北省自然科学基金项目、武汉市科技攻关项目、湖北省卫生厅科技人才基金项目、国际合作与交流项目等10余项课题，已发表SCI收录论文50余篇，主编和参编专著多部，申请专利7项。