医学鉴定的程序根据事件性质的不同、解决问题的机构不同、鉴定主体的不同而各不相同。一般的医学鉴定程序是：
（一）委托
进行医学鉴定一般需要有委托单位（事件处理的主体）。委托单位可以是司法机关（公安局、检察院、法院、司法局）、行政机关（劳动局、民政局、卫生局、环保局等）、企事业单位、人民团体、律师事务所，特殊情况下可以由个人。例如：故意伤害案件可以由办案的公安局、检察院或法院委托；在法院诉讼阶段，涉及民事赔偿问题也可以由律师事务所委托进行鉴定。由个人委托或律师委托的坚定属于单方取证，鉴定结果可能会受到对方的质疑而被要求重新鉴定。工伤事故可以由当地劳动局委托，协商阶段也可以由用人单位委托或个人委托。医疗纠纷鉴定则可由双方当事人委托、当地卫生局委托或法院委托。委托单位要以书面的形式载明受委托机构的名称、事件的经过、委托鉴定的项目、所提供的鉴定材料等。鉴定机构需要的事件调查情况、必要的医学资料，委托单位要负责提供并保证其真实性，否则鉴定机构可以拒绝鉴定。
（二）鉴定材料
鉴定材料包括报案或申诉材料、事件调查材料、医学资料等。报案或申述材料一般是受害者的主诉，虽然存在真假难辩的问题，但对了解事件经过、损害发生情况、判断损害后果等都有帮助。如因被鉴定人或其亲属提供虚假资料、供词导致鉴定结论错误的，后果由被鉴定人负责。事件调查材料则是事件处理主体机构通过现场勘察、调查走访得到的，由委托单位负责其真实性。医学资料包括病历、化验单、诊断报告书、X光片、CT片、MRI片等，由委托单位提供的，其真实性由委托单位负责。由当事人提供的则应该注意分辨其真实性。鉴定机构可以对受害者、加害人、委托单位进行询问和调查，鉴定材料不足或存在难以辨别真假时，鉴定机构可以进行重新检查而加以补充或要求委托单位补充。无法补充的，可以拒绝鉴定。
（三）检查活体或尸体
人身伤害后发生死亡的一般需要进行尸体检验以查明死亡原因、死亡方式、死亡时间和致伤工具等。特殊情况下，当事人双方对死因无异议且不涉及到刑事责任时可以不进行尸体检验，如建筑工人在工作时从高处坠落发生死亡且有目击证人的情况下，雇主和死者亲属对死亡原因均无异议。尸体检验分为尸表检查和尸体解剖二种，尸表检查仅适用于有目击证人的交通事故或工伤事故死亡。
没有死亡的，医学鉴定人需对受害者进行询问、一般的体格检查、必要的重新检查或补充检查，以帮助查明材料的真伪、损害的性质、治疗的效果、目前的状况、损害与后果之间的关系等问题。检查女性受害者比较隐私部位的最好由女工作人员进行。没有女工作人员的，必须有女性旁人在场。
医学鉴定人由于技术或设备不足，可以委托其他机构进行检查或会诊，由此产生的检查费将视同鉴定费，由委托单位或双方当事人交纳。进行尸体检验或活体检验时一般需委托单位人员在场。
（四）医学鉴定
医学鉴定人在充分了解事件发生的时间、地点，受害者的年龄、性别、职业、受伤经过、治疗经过、受伤前的身体健康状况、目前的状况后，通过检查伤者或死者、复核相关的材料，运用医学的理论和技术，参照相关的法律法规，进行详细的论证、分析和说明，最后得出科学的结论。由于医学发展的局限性和客观条件的限制，即使再高明的医学鉴定人也不可能解释所有的问题，给出肯定或否定的结论。遇到这种情况时，鉴定人要实事求是地向委托单位做出说明或给出倾向性意见。因为鉴定时机不成熟、技术力量不够等原因不能鉴定的，需向委托单位说明。
（五）鉴定书
由于鉴定机构不同，鉴定项目的差异，鉴定书的格式没有统一的要求。所以，各种医学鉴定书的内容并不完全相同。但是，医学鉴定书一般应包括：受害者的一般情况（姓名、年龄、性别、职业、住址等）、案情经过、医学资料摘要、检验所见（尸体解剖、活体检查、物证检验）、分析说明、结论、鉴定人、鉴定单位、鉴定日期和备注等。
案例2-1
武汉大学医学院法医司法鉴定所法医鉴定书
武医法检字[2005]第569号
2005年9月24日受×××公安分局委托，在武汉市××殡仪馆对李××进行尸体解剖。提取相关内脏和血液、尿液等进行病理学检查和化验，以帮助查明其死亡原因和相关情况。
据介绍：死者，李××，男，16岁，×××区实验高中学生。2005年9月16日18时许，李××感觉喉咙微痛到×××区同济堂药店接受输液治疗。店主及其助手配制克林霉素+5mg地塞米松一瓶进行输液。该液体输完后，李××有些发热。店主继而给李××输穿琥宁注射液止热。大约半小时后，李××突然出现冒汗、寒颤、口唇发紫、呼吸急促现象。店主随后拔掉针头并与李××之父一同将李××送到×××区第一人民医院救治。在×××区人民医院时，李××呼吸加快、体温超过39摄氏度，手足痉挛，大小便失禁，深昏迷。院方稍做处理后急送广州军区武汉总医院急诊科。经急诊科和神经内科医治无效于2005年9月18日15时宣布临床死亡。
病历摘要：
×××区第一人民医院门诊病历记载：寒战十分钟。患者十分钟前输穿琥宁时突然出现畏寒、寒战、胸闷。在当地处理不详，后送来我院。T：39℃，Bp:150/80mmHg，神清，燥动，口唇青紫，呼吸急促，双肺呼吸音粗。心率；130/分。初步诊断：药物反应，输液反应。
广州军区武汉总医院死亡小结：因寒战、四肢抽搐、意识障碍12小时入院。入院查体：体温：36.1℃ ，脉搏158次/分，呼吸30次/分，血压104/60mmHg。双肘部可见2×2cm紫癜。双侧瞳孔等大等园，直径约3mm。中度昏迷，光反射迟钝。入院后给予脱水、抗癫痫、补液等治疗后，患者未再抽搐，仍持续昏迷。2005年9月17日7时许呼吸停止，血压测不出。急行气管插管，呼吸机辅助呼吸。9月18日出现无尿。9月18日13时许心跳停止，经抢救无效死亡。最后诊断：1、缺血缺氧性脑病；2、弥漫性播散性血管内凝血；3、继发性癫痫；4、癫痫持续状态；5、休克；6、急性肾功能不全；7、电解质紊乱。
尸体解剖记录：死者，李××，男，16岁，尸长1.6米。发育正常，营养中等，发长6cm。鼻腔及口腔内塞有棉球，血性。角膜中度混浊，瞳孔直径5mm。双侧眼球结膜和睑结膜苍白，未见点状或片状出血。双侧外耳道洁净。右颈部距离耳垂5cm处有1.2×0.3cm表皮剥脱。左胸平乳头内侧5cm处有3×2cm轻度皮下出血（抢救所致）。左肋缘距离乳头下13.5cm处有1.2×0.2cm表皮剥脱伴皮下出血，其外周有园形痕（抢救所致）。右肘关节处稍肿，右肘外侧有不规则形皮下出血，大小7×2cm，其间有一注射针眼。右上臂内侧有抓伤痕多处，长度7~9cm。双侧腕屈侧未见针眼。右手背有5处针眼。双手甲床紫紺。右腹股沟有注射针眼伴皮下出血。左腹股沟有注射针眼伴轻度皮下出血。左上臂内侧有抓伤痕多处，长度7~9cm。左前臂有15×7cm皮下出血（注射？）。左手背及腕背有注射针眼。右踝内侧和左踝内侧有注射针眼及皮下出血。双侧膈肌高度均在第5肋间。腹腔未见积血积液。左侧胸腔有150ml血性液体；右侧胸腔有120ml血性液体。心包腔内未见积血。膀胱空虚，仅有1ml尿液。右大腿根部到右腰大肌处有19×6cm出血。心外膜下有多个出血点。头皮下未见出血，颅骨未见骨折。扁桃体表面有出血点。喉头轻度水肿，气管内壁充血，管腔内有泡沫样液体。双肺水肿明显。
尿常规检查：红血球++，脓球++，管型++。
胸水常规检查：比重：1.025, 白细胞：400/mm3, 李凡他试验（+）。
血液IgE检查：107IU/ml（正常值0~378IU/ml）。
法医病理检查记录：
1、 脑组织：全脑重1840g。脑表面未见破损。桥脑实质内见有0.5×0.2cm出血，颜色淡红，其他部位未见出血。镜下脑血管间隙明显增宽，桥脑出血明显，出血灶周围未见明显血管异常。脑垂体旁血管壁厚薄不均，并伴有轻度渗血。脑干有局灶性变性坏死，格子细胞出现，但未见明显炎性细胞浸润及神经胶质细胞形成。
2、 心脏：心脏重280g。左心室乳头肌尖端处有出血，左心室后壁外膜下有点状出血。冠状动脉未见异常，各瓣膜未见器质性病变。镜下心肌纤维断裂明显，心肌间充血，心肌纤维轻度水样变性。乳头肌尖端和心外膜下出血。
3、 脾脏：重180g。包膜未见破损，实质内未见出血。未见嗜酸性粒细胞浸润。
4、 肝脏：包膜未见破损，肝小叶结构尚存。肝细胞索结构紊乱。肝细胞弥漫性变性坏死。
5、 肾脏：肾实质未见出血及占位性病变。肾小球囊内有少许纤维蛋白渗出，部分肾小管内有细胞管型。
6、 扁桃体：充血明显，有大量的淋巴细胞浸润，中性粒细胞较少。
7、 肺脏：肺间隔增宽，充血，水肿，肺泡腔内有大量的均质淡红物质。未见嗜酸性粒细胞浸润。肺出血不明显。
分析说明：
1、 根据死者李××从发病到死亡经历了四十五小时左右，尸体解剖所发现的过敏体征不明显，体内未见嗜酸性粒细胞浸润，血浆中IgE不高，发病后最初几小时内血压未下降等情况判断，基本可以排除有过敏性休克的可能性。
2、 尸体解剖发现李××桥脑有明显出血，结合其发病后出现持续高热、四肢抽搐、昏迷等情况判断，其死亡的直接死因是桥脑出血、脑水肿和多器官功能衰竭。
3、 给李××所输药物（克林霉素和穿琥宁）均有引起过敏反应和输液反应的报道。尤其穿琥宁是一种中成药制剂，容易引起输液反应，比较正规的医院一般采用过滤性输液器输液以减少输液反应的发生。李××在输穿琥宁过程中出现畏寒、高热符合输液反应表现，而输液反应一般在正规医院是比较容易救治的。李××之所以没有被救治成功与其桥脑出血和救治不及时、措施不力有关。
4、 李××桥脑出血的原因，从病史、出血部位和尸体解剖未发现头部外伤等情况分析基本可以排除外伤性出血的可能性。虽在桥脑处未发现血管畸形，但由于出血灶是孤立的，其他部位未发现出血情况，且在脑垂体附近发现有血管发育异常的情况，分析认为桥脑出血的原因是李××在脑血管发育不良的基础上，由于输液反应导致桥脑出血，从而造成其随后出现的并发症难以救治而死亡的后果。
5、 综合发病经过、病历材料、尸体检验结果、病理检查结果和化验结果，结合临床专家和法医专家会诊意见认为：李××在输入穿琥宁时发生了输液反应，由于店主不能及时救治而转送×××区第一人民医院，继而又转送广州军区武汉总医院，延误了抢救时间。同时，由于李××存在脑血管发育不良的情况，在出现输液反应后诱发了桥脑出血，从而加重了原有的病情，最后导致DIC、多器官功能衰竭、脑水肿死亡。
结论：李××因输液反应诱发桥脑出血导致DIC、多器官功能衰竭、脑水肿死亡。
法医鉴定人：××× ××
2005年10月23日
案例2-2
武汉大学法医司法鉴定所法医鉴定书
武医法鉴字【2005】第767号
一、一般情况
委托单位：武汉市武昌交通大队
伤者姓名：钱× × 性别：女 年龄：67岁
伤者住址（或单位）：武汉市×××××××。
鉴定项目：1.伤残等级；2.后期医疗费；3.休养时间；4.护理时间。
二、伤情简介
被鉴定人述：2005年4月21日9时许，钱××在武汉市×××路徒步横过斑马线时,被一辆出租车碾伤左脚,伤后到×××医院医治。经治疗后目前左脚下地行走困难，疼痛。
三、病历摘录
×××医院病历记载，患者因车祸伤4小时入院。检查：左脚足背肿胀，有青紫淤斑，压痛明显，脚趾不能自主活动，被动活动疼痛明显，门诊X线片示：左足第2、3、4跖骨远端骨折，左足第1、2末节趾骨骨折。予以抗炎、脱水、止血等治疗。出院诊断：左足第2、3、4跖骨远端骨折，左足第1、2末节趾骨折。
四、法医检查（2005年6月2日）
法医对其检查见，伤者，钱××，女，67岁。双拐入门诊，一般情况可，对答切题、语利。左足颜色暗（血液循环差），稍肿；左踝关节活动轻度受限（石膏固定僵硬）；左脚各趾目前不能主动活动；左第一趾甲床出血。X光片示：左足第2、3、4跖骨远端骨折；左足第1、2末节趾骨骨折。
五、分析说明
1．根据病历记载、X光片及法医检查，被鉴定人左足损伤符合车碾所致。外伤造成左足第2、3、4跖骨远端骨折；左足第1、2末节趾骨骨折。经保守治疗后目前处在恢复期。按正常转归，其最终将留有左足行走疼痛，左足趾活动受限等后遗症。依据《道路交通事故伤残评定》4.10.10.d）规定，构成X(10)级伤残。
2．后期需拆石膏、拍片复查、理疗及功能锻炼，后期医疗费原则上以医院实际合理收费为准，如目前结案则建议壹仟元。伤后合计需要休养半年，他人护理3个月。
六、结论
1、被鉴定人钱××损伤构成X(10)级伤残。
2、后期医疗费建议壹仟元。
3、伤后休养6个月。
4、伤后护理3个月。
法医鉴定人：××× ×××
2005年6月3日